Os efluentes precisam ser tratados para retornarem aos recursos hídricos. Se despejados diretamente, o impacto ambiental gerado e os custos para recuperação são enormes.

O tipo de tratamento é indicado de acordo com a carga poluidora e a presença de contaminantes. Especialistas da área são quem coletam e realizam análises dos parâmetros que representam a carga orgânica e a carga tóxica dos efluentes.

Há diversas Estações de Tratamento de Efluentes (ETEs) pelo Brasil. Elas são responsáveis pelo processo de limpeza dos efluentes para que estes retornem ao meio ambiente.